나에 대한 질문

1. In depth) Sequencing all life captivates biologists

이젠 전체 유전체의 sequencing이 next generation sequencing 덕분으로 한 랩 안에서 실행할 수 있는단계다 보니 지구상의 생명유전체를 분석하는 프로젝트 (Earth BioGenome Project, EBP)가 출범하기에 이르렀습니다. 생명유체 전체를 커버하는 것이 최종 목적이겠지만, 일단은 진핵생명체부터, 각 속을 대표하는 한 종씩 9,000개를 최초로 타깃으로 한다는 뉴스입니다. 샘플의 수집 및 연구비 조달, 국제적 협력 등이 당장 보이는 문제라고 하네요.

2. Perspective) Membrane proteins scrambling through a folding landscape

Atomic force microscopy (AFM)에 기반한 single-molecule force spectroscopy (SMFS) 를 이용하여 bacteriorhodopsin 의 반응성을 천분의 일초단위로 관찰하였음.

원논문) Hidden dynamics in the unfolding of individual bacteriorhodopsin proteins

3. Peter C. Nowell (1928-2016)

부고) 암연구자로 현대 정밀의학의 기초를 확립하는대 공로를 세웠음. 2016/12/26일 88세로 세상을 떠나셨음.

4. Research Article) Structure of a eukaryotic voltage-gated sodium channel at near-atomic resolution

5. Report) A nontoxic pain killer designed by modeling of pathological receptor conformations

아편은 아주 강력하고 효과적인 진통제이긴 합니다만, 중독이 나타나는 부작용이 있습니다. 염증반응이나 외상과 같이 통증을 야기하는 환경에서는 조직의 산성화가 동반됩니다. 이 논문에서는 아편반응수용체에 작용하는 새로운 약물을 개발하였는데, 산성화된 조직에서 가장 잘 활성화되는 약물을 선택함으로 기존의 약물과 차별화 된다고 합니다. 

6. Webinar) A high-resolution look at the human cell: Introducing the Human Cell Atlas

Human Cell Atlas - 기존 인체의 장기를 세포의 기능 별로 묶어서 설명하던 것에서 벗어나, 세포를 하나씩 자세히 분석하여서 세포마다의 특성을 파악하여 사람의 세포지도를 만들겠다는 취지의 프로젝트로 이해합니다. 접근법은 DNA/RNA/Protein 기반으로 접근하는 방식이 사용되고 있습니다. 이 Webinar에서는 protein 기반의 human cell atlas에 대해 설명하려 한다고 하는군요.

Reference

1. http://science.sciencemag.org/content/355/6328/894

2. (Perspective) http://science.sciencemag.org/content/355/6328/907

(Original paper) http://science.sciencemag.org/content/355/6328/945

4. http://science.sciencemag.org/content/355/6328/eaal4326

5.http://science.sciencemag.org/content/355/6328/966

6. http://science.sciencemag.org/content/355/6328/973.2

    직업이 실험을 하고 논문을 쓰는 것이라 프로그램에서도 항상 관심이 가는 방향 중 하나가 바로 논문용 그림을 어떻게 하면 효율적으로 올릴 수 있을까이다.

    주위의 많은 사람들은 파워포인트를 사용해서 TIF 혹은 PDF로 저장 후 변환해서 사용하는 방법들을 많이 쓴다.

간편한 방법이고 좋은 방법이다. 매일 쏟아져나오는 그림들을 익숙치도 않은 프로그램을 써 가며 하는 것보다는 어차피 ppt로 만들거 이걸로 처음부터 하는게 가장 이상적일거다.

    하지만, 아직 파워포인트는 프리젠테이션 용도의 프로그램인지라 프리젠테이션에 맞는 정도로 해상도를 변환해버리는 아주 좋은 기능(?)이 있어 출판용으로 쓰기에는 무리가 있는 것도 사실이다. 1-2년에 한 두번씩 쓰는 논문을 정리하려 예전 raw data 무더기에서 그림 찾기도 서울서 김서방 찾기고, 어쩌면 좋을까? 하는 마음에 예전에는 illustrator를 썼었다. 그래봤자. 파워포인트 안의 그림 파일을 떼다가 붙이고 하는 정도의 수준이었지만 말이다. 허나, illustrator는 상대적으로 고가이다 보니 내가 어디서 근무하든 사용할 수 있는 무료 프로그램을 이용한 이상적인 방법이 없을까를 고민하게 되었다. 해서, 요즘은 무료 벡터 프로그램 중에서 가장 추천을 많이 받고 있는 잉크스케이프 (Inkscape) 라는 프로그램을 깔아서 사용하고 있다. 사용소감은.. 사실 나에게는 illustrator와 동일. ㅋ 대만족.

나의 반복된 생활은

실험사진 얻기 -> 1차 정리 (그림 보정 포함) -> 실험 진행 -> 최종 방향 및 최고로 잘 찍었던 때의 실험 사진 결정 -> 출판용 그림 만들기

이렇다는 건데,

    파워포인트는 어차피 pptx에서 있던 사진들을 뽑아서 정리하는 거라 중간에서 헷갈릴 곳이 없지만, '출판용 그림 만들기', 요 포인트 때문에 항상 문제가 되는거다. 그래서, 실행하려고 하는 거는 최종 방향이 정해지기 전까지는 pptx로 만들고 마지막 작업 때, 원본 사진으로 inkscape로 작업하는 것. 이런 결론인데, 그러려면 결국 원본 사진을 빨리 찾을 수 있게 pptx에 관련 정보넣기를 의무화하는게 가장 낫다는 생각을 한다.

그리고, 처음 사진 찍을 때 잘 찍어서 후에 photoshop이나 gimp 처럼 이미지 편집 프로그램을 돌리지 않아도 되게 하는게 가장 좋다는 거. 왜냐햐면 잉크스케이프는 이미지 편집 프로그램이 아니라서, 밝기, 명암은 다른 프로그램을 또 돌려야 하거든...

    결론은, 처음에 할 때 귀찮더라도 꼼꼼히 잘 해라. 인건가..................... Inkscape를 쓰는 간단한 방법은 올렸으면 좋겠는데, 요즘 일들도 많고 귀차니즘을 극복하고 올릴 수 있을까... 일단은 이분이 올려 놓으신 걸로 패스를.. ㅋ http://jjangfree.tistory.com/839

(수정사항) 요새는 afdesigner 로 사용 중입니다.  Illustrator와 유사하면서, 저렴한 버전이라 생각하시면 좋겠네요.